《植物分类学报》(JSE)是我国生物学科历史最悠久的核心期刊，自1951年创刊以来发表的各项研究成果对探讨中国和世界植物区系的组成、起源和演化做出了重要贡献。1978年在本刊发表的《中国蕨类植物科属系统排列和历史来源》一文最具代表性，作者秦仁昌院士因发表此文而获得了1993年度的国家自然科学奖一等奖（图1）。获2009年度国家自然科学奖一等奖的《中国植物志》曾引用JSE发表的研究成果达6016次。此外，《植物分类学报》有5篇文章分别于2003、2004、2007、2008 年获中国科协优秀学术论文奖，1篇文章于2017年获中国科协优秀科技论文农林集群优秀论文一等奖，2篇文章于2018、2019年分获中国科协优秀科技论文奖。2013–2018年JSE入选中国科技期刊国际影响力提升计划项目，2019年入选中国科技期刊卓越行动计划，2020年入选第27届北京国际图书博览会精品期刊展，连续9年荣获“中国最具国际影响力学术期刊”。
图1. 秦仁昌院士获国家自然科学奖一等奖
为了顺应学科的不断发展和国内外学术交流的需要，2008年《植物分类学报》改英文刊名为“Journal of Systematics and Evolution (JSE)”，并于2009年成为全英文期刊，定位于“以分类、系统发生和进化为基础内容，涵盖进化生物学各领域研究的国际学术期刊”。经过十多年的努力，JSE发文的质量不断提高，国际化程度及国际影响力也日益提升。2014年，以葛颂、文军为共同主编的第十届编委会成立，并于当年9月在深圳成功召开高级编辑会议，讨论了期刊面临的机遇、挑战，明确了期刊的出版范围以及未来的发展方向，制订了具体的发展规划（图2）。其中一个重要举措就是设立JSE论文奖，以鼓励在JSE发表的高水平研究综述和研究论文，每年评选一次，包括优秀论文和青年优秀论文各2篇。JSE将为优秀论文作者颁发证书等（图3）。
图2. 2014年9月深圳JSE高级编辑会议，会议讨论并确立了期刊未来几年的发展方向和举措
2015年首次开展了优秀论文评选活动，候选论文为2008–2013年间在JSE发表的所有综述和研究论文。主要依据文章被引频次，从370篇文章中评选出20篇优秀论文。
图3. 2016年JSE优秀论文获奖证书，该文获得了2019年度“第四届中国科协优秀科技论文奖”
自2016年起，JSE每年对前两年发表文章进行评选，由全体高级编辑根据文章被引频次以及学术影响力进行投票，确定入选优秀论文。至今共评选出40篇优秀论文，具体如下：
今年评选出2019年优秀论文2篇、青年优秀论文2篇，简介如下：
优秀论文：
西番莲属质体基因组测序揭示广泛的基因组重组现象
Whole genome alignment of four Passiflora plastomes relative to Populus trichocarpa
该文发现西番莲属三个亚属的质体基因组经历过多次独立发生的共有的倒位、基因和内含子丢失以及IR的扩展和收缩，最终导致三个亚属各自具有不同的质体基因结构组成。本研究说明了系统发生重建中谨慎利用罕见基因组变化的重要性，因为基因组变化能在不同的谱系中独立发生，作为系统发生的特征可能不可靠。
薹草属的生物地理和多样性分化：它是如何称霸全球的
Phylorate plot obtained from the analysis of diversification rate in Carex with BAMM and based on the ML constrained singletons chronogram calibrated with 10 fossils
本文对薹草属2/3的种和可识别的组进行了全面的系统发生分析，证实了薹草属在始新世晚期起源于东亚，晚渐新世发生了多样性分化，并且有几次独立的殖民行为进入了南半球。本研究的结论为理解该属的谱系地理和多样性提供了全新的视角，为后续关于该属植物全球扩张和多样性形成机制的研究奠定了基础。
基于特定细胞核外显子及其侧区序列探讨苔藓植物Physcomitrium的系统发生关系
Generic exemplars of the Physcomitrium‐Entosthodon complex
葫芦藓科是研究形态反复逆转的合适研究体系。作者通过分析648个核基因位点对5个具有高度简化孢子体的分类群进行了系统发育关系的研究。基于合并数据以及单个基因树的一致性分析，作者提出一个新的单系Physcomitrium范畴，包括Physcomitrella 和 Aphanorrhegma两个种。本研究结果将会提高对孢子体的复杂性以及苔藓菌体进化的整体性理解。
青藏高原椿榆属的第一个化石记录：在形态进化和生物地理研究中的意义
Jia LB, Su T, Huang YJ, Wu FX, Deng T, Zhou ZK. 2019. First fossil record of Cedrelospermum (Ulmaceae) from the Qinghai-Tibetan Plateau: Implications for morphological evolution and biogeography. Journal of Systematics and Evolution 57: 94–104.
Hypothesized fruit morphological evolution and biogeographic history of Cedrelospermum
本文报道了发现于青藏高原椿榆属的第一个化石记录，含保存完好的果实和叶片，表明这个属在渐新世晚期存在于这一地区，并且说明青藏高原的中心在渐新世晚期与北半球的其他地区有植物地理学上的联系。结果支持该属通过白令海峡从北美迁移至亚洲的假说。
